Toomas Paul sündis 1939. aasta 29. oktoobril EELK vaimuliku Arved Pauli peres. Ta alustas õpinguid Kursi algkoolis. Aastatel 1954–1957 õppis ta Tartu Ehitustehnikumis ja 1957–1958 Tallinna Polütehnikumis. 1960–1964 õppis ta EELK Usuteaduse Kõrgemas Katsekomisjonis. Ta ordineeriti õpetajaks 20. detsembril 1961.
1971. aastal kaitses ta Usuteaduse Instituudis magistritöö «Iustificatio sola gratia Jeesuse tähendamissõnades» ning 1994. aastal Tartu Ülikoolis teoloogiateemalise doktoritöö «Eesti piiblitõlke ajalugu. I osa». 1994. aastal sai ta Durhami Ülikoolist Inglismaal Doctor of Divinity h.c. kraadi inglise ja saksa keeles avaldatud teadustööde ning oikumeenilise tegevuse eest.
Aastatel 1960–1968 oli ta Ridala Püha Maarja Magdaleena koguduse õpetaja; Martna Püha Martini koguduse ja Lihula Eliisabeti koguduse hooldajaõpetaja, aastatel 1968–1986 Valjala Martini koguduse õpetaja; Püha Jakobi koguduse, Mustjala Anna koguduse, Karja Katariina koguduse ja Saaremaa Jaani koguduse hooldajaõpetaja, aastatel 1986–2004 Tallinna Jaani koguduse õpetaja, aastatel 1992–1995 Tallinna saksa koguduse õpetaja, samuti Eesti Vabaõhumuuseumi Sutlepa kabeli õpetaja. Alates 2005. aastast oli ta Tallinna Jaani koguduse korraline külalisõpetaja.
Aastatel 1974–1981 EELK Usuteaduse Instituudi õppeülesannete täitja, aastatel 1986–1992 EELK Usuteaduse Instituudi Uue Testamendi professor, aastatel 1992–1996 Tartu Ülikooli usuteaduskonna Uue Testamendi õppetooli professor, aastatel 1996–2000 Eesti Muusikaakadeemia kirikuloo professor, aastatel 2005–2010 Akadeemia Nord kultuurifilosoofia ja kirjanduse õppetooli erakorraline professor. Tema ja Anne Kulli juhendamisel kaitses Peeter Roosimaa 2004. aastal Tartu Ülikooli usuteaduskonnas doktoritöö «Uue Testamendi eestikeelsetest tõlgetest ja tõlkimist toetavatest [p.o. toetavast] eksegeesist».
Ta on pälvinud aastal 1989 Kupra tõlkepreemia (Uue Testamendi tõlke eest), 1992 – Sirbi aastapreemia, 1995 – B. G. Forseliuse Seltsi Suur Ignatsi Jaagu medal (pedagoogika ajaloo uurimise eest), 1996 – EELK kirjanduspreemia (täiskasvanute leeriõpiku eest), 1997 – Sirbi aastapreemia, 1997 – Tallinna teenetemärgi, 1998 – Riigivapi IV klassi teenetemärgi, 2001 – Maalehe aastapreemia, 2004 – Ivar Ivaski Mälestusfondi stipendiumi («Eesti mõtteloo» sarjas ilmunud raamatu «Kirik keset küla» eest), 2005 – Eesti Punase Risti I klassi teenetemärgi, 2006 – Eesti Rahvuskultuuri Fondi elutöö tänuauhinna, 2006 – Maarja medali, 2011 – Aadu Luukase missioonipreemia (annetas selle 32 000 euro suuruse preemia Tallinna diakooniahaigla hospiitsosakonnale), 2014 – Rahvusmõtte auhind, 2014 – Enn Soosaare esseistikapreemia (essee «Aus vale, vale ausus», ilmus Maalehes 2013) ja 2021 – EELK titulaarpraosti nimetuse.
Toimetus avaldab Toomas Pauli lähedastele kaastunnet.
